Абсолютно такая же проблема, долго ломал голову, пока не сделал тест производительности и посмотрел хиты и их запросы. Оказывается много запросов было к несуществующему файлу картинки, который был прописан в css, а так как файл несуществующий, то сервер возвращал страницу 404 (/404.php), на которой у меня полно запросов к БД. В итого просто прописал правильный путь к файлу картинки в css и все!
Было:
background: url('nav-icon.png') no-repeat;
Стало:
background: url('../images/nav-icon.png') no-repeat;
Было:
background: url('nav-icon.png') no-repeat;
Стало:
background: url('../images/nav-icon.png') no-repeat;