Можно поиграться с обработчиками событий OnProlog и OnEndBufferContent.
В начале импорта устанавливать флаг блокировки параллельного запуска, в конце импорта снимать его.
Если флаг установлен - выводить для 1С ошибку какую-то.
Но нужно еще каким-то образом отделять процессы друг от друга. Если у параллельных процессов сессии одинаковые, то наверно придется еще импорт на стороне 1С кастомизировать, чтобы в параметры запроса прописывала уникальный идентификатор процесса.
В начале импорта устанавливать флаг блокировки параллельного запуска, в конце импорта снимать его.
Если флаг установлен - выводить для 1С ошибку какую-то.
Но нужно еще каким-то образом отделять процессы друг от друга. Если у параллельных процессов сессии одинаковые, то наверно придется еще импорт на стороне 1С кастомизировать, чтобы в параметры запроса прописывала уникальный идентификатор процесса.