столкнулся с той же проблемой, никакго решения кромя ковыряния кодов исходников не нашел. создал свой компонент в котором заменил стандартную генерацию xml заказов на свою. Примерно так.
//CSaleExport::ExportOrders2Xml($arFilter, false, $arParams["REPLACE_CURRENCY"]);
require_once( $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].$componentPath.'/exportorders2xml.php' );
ExportOrders2Xml($arFilter, false, $arParams["REPLACE_CURRENCY"]);
//CSaleExport::ExportOrders2Xml($arFilter, false, $arParams["REPLACE_CURRENCY"]);
require_once( $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].$componentPath.'/exportorders2xml.php' );
ExportOrders2Xml($arFilter, false, $arParams["REPLACE_CURRENCY"]);