Была похожая проблема, со стороны сайта модуль обновлял корзину заказа с помощью метода setFields (выдавало ошибку SALE_BASKET_ITEM_WRONG_AVAILABLE_QUANTITY), переписал на setFieldsNoDemand, всё заработало. Теперь модуль обновляет неактивные/недоступные товары.