При этом, когда проходит полная выгрузка товары не перекладываются из категории в категорию. Например: все товары из-за глюка выгружены в корневой раздел. Я перекладываю часть товаров руками на сайте в нужный раздел. Запускаю выгрузку. Переложенные товары остаются там же, куда я их и переложил. Это означает то, что полная выгрузка вовсе не полная и не затрагивает часть свойств и характеристик товара, в частности группу.