Спасибо тех.поддержке за помощь, проблема решена , вот их комментарии и сразу все становится ясно 
"Добрый день!
Проблема в том, что у вас неверно настроено добавление товаров в корзину. Не прописываются обязательные для интеграции с 1С свойства товаров:
PRODUCT_XML_ID и CATALOG_XML_ID (внешний код товара и внешний код каталога) - они не попадают в заказ, поэтому при обмене заказами 1С их не может идентифицировать.
В системном функционале используется метод Add2basketByProductID, который прописывает эти коды автоматически. Вы, видимо, кладете товары в корзину через CSaleBasket::Add() не указывая кодов товара и каталога"

"Добрый день!
Проблема в том, что у вас неверно настроено добавление товаров в корзину. Не прописываются обязательные для интеграции с 1С свойства товаров:
PRODUCT_XML_ID и CATALOG_XML_ID (внешний код товара и внешний код каталога) - они не попадают в заказ, поэтому при обмене заказами 1С их не может идентифицировать.
В системном функционале используется метод Add2basketByProductID, который прописывает эти коды автоматически. Вы, видимо, кладете товары в корзину через CSaleBasket::Add() не указывая кодов товара и каталога"
Сайт компании:
