1С никак не может повлиять на то, какие заказы выгружаются, а какие нет, так как сам битрикс решает какие заказы выгружать на основе сравнения даты и времени изменения и последней выгрузки. Поэтому два варианта - программным образом из 1С изменить дату изменения заказа или все-таки найти причину, почему не записывается заказ покупателя в 1С во время синхронизации. Лучше конечно понять и поправить алгоритм, из-за которого заказ покупателя не записывается. Не понимаю, почему вы этот алгоритм не поправляете, а ищите какие-то левые способы. НО если уж вы очень хотите сделать так как хотите, то можно сделать так - если заказ не записывается в 1С, то записать его номер в регистре сведений, а потом при завершении сеанса обмена пройтись по этому регистру, взять номера не записавшихся заказов и отправить эти номера в битрикс в самописный скрипт, который изменит дату последнего редактирования, а потом снова запустить сеанс синхронизации