Основным недостатком MyISAM с точки зрения производительности является блокировка на уровне таблицы при выполнении тех или иных операций. В результате, при большой нагрузке MySQL именно MyISAM таблицы становятся основным узким местом в системе, мешая увеличивать утилизацию машины и число обрабатываемых запросов. Это также приводит к увеличению времени работы страницы за счет ожидания используемых таблиц на уровне MySQL.