Я столковался с такой проблемой, есть 3 пути решения проблемы:
1. Увеличить тайминги для mysql и php;
2. Кастомизировать выгрузку ( уменьшить объём выгружаемой, а значит обрабатываемой информации );
2.1 Возможно совмещение как 1-го пункта, так и 2-го.
3. Загружать кусками ( выставив настройки импорта, так чтобы не удалялось предыдущее ).
PS: У меня полная выгрузка предложений ( xml ) по размеру была ~130 Mb, после кастомизации ~54 Mb. Если в 1С учёт ведётся по характеристикам, то изменение в любой характеристике ( цена, продажа ) ведёт к тому, что выгружаются все характеристики привязанные к этой номенклатуре, соответственно и все изображения, так что если буду затронуты 10 номенклатур, то это может привести к большому объёму выгрузки.
Лично Николаю Ефремову: Переносите на VDS, т.к. перезапуск apache они делают, скорее всего для того, чтобы долгоиграющие скрипты отваливались
простое решение сложных проблем. У вас я думаю с перезапуском apache шансы грузануть стремятся к 0. Даже если пакеты сжимаются, потом идёт довольно таки долгая обработка на стороне хостинга. У нас к примеру VDS или по другому VPS, который даёт ряд преимуществ в настройке под себя, правда желательно при этом разбираться в Linux.