Можно дополнить этот список, чтобы другим людям не приходилось искать заново. Были такие сайты, где просто нереально обновить ядро Битрикса и приходится фиксить вручную
Так же помогает модуль с поиском зараженных файлов. На некоторых сайтах он системные файлы тоже помечал как подозрительные, но в некоторых на самом деле всё в порядке.