Никакой разницы нет. Во всех свежих версиях 1С УТ и Розница имеется как штатный способ обмена товарами, остатками и тд, так и при помощи модуля 1С Битрикс. Вопрос только в конфигурации, если она не типовая, то вполне могут потребоваться дополнительные средства на реализацию выгрузки не штатными средствами 1С.