Кодировка "utf8" - устаревшее название. Актуальное (в т.ч. в MySQL 8) - utf8mb3 и utf8mb4 (предпочтительнее), но проверка требует именно "utf8".
Ответ от Beget:
Ошибка «Кодировка для подключения к базе данных должна быть utf8, текущее значение — utf8mb3» возникает потому, что в MySQL 8.0 utf8 формально заменён на псевдоним utf8mb3, а Битрикс по‑прежнему ждёт именно utf8 в параметрах соединения.
Само по себе отличие utf8 и utf8mb3 не ломает работу Битрикса и не является критичной ошибкой данных, если все таблицы и поля уже в utf8/utf8mb4
К сожалению, в старой версии ядра Битрикс в самом файле site_checker.php прописана эта кодировка в сравнительном блоке.
Ошибка не критичная, можно оставить
