Вы наверное имеете в виду свойства _элементов_ в разделах и подразделах? Если да, то можно создать свою форму редактирования элементов в этом инфоблоке, и в ней уже решать какие свойства для каких элементов каких групп показывать

в документации по словами "Создание пользовательских страниц редактирования элемента информационного блока"