У меня была та же фигня. Оказалось, что в компоненте search.page в файле component.php поисковый запрос записывается в массив под именем "?QUERY" вместо "QUERY". Не знаю, кто напортачил, т.к. сайт получил от других ребят на доработку. Редакция Битрикс вроде "Малый бизнес". Версия не последняя. Так что вот, может кому-то поможет.