Все, что находится в папке /bitrix трогать нельзя, за исключением папки /bitrix/php_interface, файла /bitrix/.settings.php и всех модулей и компонентов, которые написали вы сами.
Вернее, трогать можно, но при обновлении вы все потеряете.
Вернее, трогать можно, но при обновлении вы все потеряете.