В принципе там все доступно описано, если внимательно почитать и походить по ссылкам внутри документации. По логике вещей, учитывая , следующим после подгрузки init.php подгружается /bitrix/php_interface/[ID сайта]/init.php, который не обновляется (единственный минус, что, если нужно выполнять обработчик на всех сайтах, то нужно прописать это в каждом файле init.php для каждого сайта).