Переопределяем z-index в BX.WindowManager

Это только так кажется. Однако если у вас дофига jQuery плагинов, слайдеров и т.д. и т.п., то всё это переделывать не так просто...

т.е. вы считаете, что лучше копаться в десятке плагинов, чем поправить один файл?
а может вообще лучше разработчикам битрикса пойти по пути jQueryUI и сделать нормальные настройки. Т.к. их поделка однозначно слабовата.

Да хочу сказать! В вёрске (сделана не мной, но я считаю её правильной) - в шапке 5-6 слоёв с абсолютным позиционированием и z-index там идёт с шагом в 100. Т.е. первый слой - 100, второй - 200 и т.д. Последний слой имеет z-index 1000. Далее у нас есть cloud zoom, который ставит для своих картинок z-index 9999. Ещё есть popup окна Dialog jQueryUI (которые должны быть поверх предыдущих слоёв).  Совсем последним слоем у нас должны быть диалоговые окна битрикса.
В дальнейшем, возможно, ещё будут ajax - примочки, которые будут создавать свои слои и т.д. и т.п. Т.о. "потолок" в 1000 явно маловат.
Быть может вам это кажется "неправильным", но это удобно, т.к. когда надо будет быстро вставит какой либо блок, то можно будет быстро (почти наобум) впихнуть какое то значение "более 800, но меньше 1200", а не думать и смотреть файербагом "32" или "33".
Если у вас много времени - то наверно для вас это детский лепет. Мне же не охота ради мифического потолка в 1000 переделывать шаблоны. Зачем переделывать чужую, причём нормальную работу?
А вы уверены, что он работает? А то ТП битрикса про это не пишет:

Да?! Ну тогда значит, каждый раз, когда отвечает ТП битрикса помирает бегемот!

Leshchenko Sergey , да это я так - подкалывался.
Конечно работает