Форум

Это тупо прерывание процесса, без возможности его возобновления. А не "поставить на паузу". Агент конечно остаётся, вы же его сами прикрутили, кто его завершать будет =) Вообще документация не полная, попробуйте покопать в коде в сторону методов CBPActivity Cancel(), HandleFault(), CBPWorkflow CancelActivity(), возможно найдёте способ прикрутить обработчик отмены/остановки действия/процесса.
Ещё подключитесь к группе http://dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/group/104/
Может вы чем-нибудь проймёте разраба.

зы. я там кстати как раз недавно просил сделать такую штуку - возможность навешивать отдельный служебный подпроцесс в шаблоне на действие типа "остановить процесс". если такое реализуют - то ваше ситуацию закроет, в этом подпроцессе вы смогли бы убить своего агента, и только после этого завершить процесс.