Юрий Таранов, вы знаете основы ООП? Скопируйте комопонент импорта каталога в свое пространство имен. Компонент использует класс CIBlockCMLImport. Наследуйте его. Перегрузите функцию создания/апдейта элементов и эелемента. Делайте, в своей перегруженной функции, что хотите - замените поиск по внешнему коду на поиск по артикулу и/или наименованию. Замените в свем кастомном компоненте вызовы базового класса вызовами вашего класса-наследника. Пример: http://dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/user/30123/blog/7252/
Есть способ на событиях, но он дибильный - поиграйте с обработчиками бефор и афтер апдейт с сохранением любых флагов и значений в массив сессии.