не могу найти пути которые берет ISPConfig
сайт поддержки у них совсем мертвый, уже думаю поискать что нибудь другое

как я понял разница вот в этом "Scan this dir for additional .ini files /etc/php.d (/usr/local/zend/etc/conf.d)"
где это задается в панели найти не могу