Это лучше уточнить у разработчиков самой сборки, вроде как возможность переключения 5.6-7 анонсирована и должна быть безболезненной.
Сам делал кучей манипуляций с удалением php 7 через rpm, чтобы не цеплялся bitrixvm, установкой php 5.6, правил конфиги и тд и тп. Но я ставил поверх 5.1.9 под Centos 6.8
UPD. Как это делается ручками
идем в /etc/yum.repos.d/remi.repo
находим там секцию remi-php56
меняем enabled=0 на enabled=1
ставим php 5.6
yum install php56-php-pdo php56-php-pecl-rrd php56-php-mysqlnd php56-php-mcrypt php56-php-common php56-php php56-php-pecl-zip php56-php-xml php56-php-pecl-geoip php56-php-cli php56-php-ldap php56-php-pecl-xdebug php56-php-pspell php56-php-pear php56-php-pecl-memcache php56-php-gd php56-php-zipstream php56-php-json php56-php-mbstring php56-php-process php56-runtime php56-php-opcache php56-php-pecl-apcu
(добавить другие необходимые модули по желанию, возможно потребуется yum update)
делаем симлинк модуля php 5.6 для Апача
ln -s /opt/remi/php56/root/usr/lib64/httpd/modules/libphp5.so /usr/lib64/httpd/modules/libphp5.so
идем в /etc/httpd/bx/conf/php.conf
меняем там цифры 7 на 5 в строчках с подключением модуля php
делаем симлинк конфигурационного файла битрикс для php
ln -s /etc/php.d/bitrixenv.ini /opt/remi/php56/root/etc/php.d/bitrixenv.ini
(возможно по аналогии потребуется симлинк для z_bx_custom_settings.ini)
рестартуем Апач
service httpd restart
Пользуемся:) Основная версия php в системе остается 7. В консоли можно работать и с 5.6 через php56 "параметры"