Как вариант, да. Но очень не хочется выходить за рамки API БУС. Тем более, еще нашел этот пост по транзакциям http://dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/user/27606/blog/1120/ (а может быть просто человек не пробовал с двумя потоками). Буду разбираться, в чем дело.