Здравствуйте, Артем
Резервирование товара происходит теперь, как указано в настройках у вас. Раньше Битрикс поддерживал одну схему уменьшения товара, во время оформления заказа, теперь она стала универсальной, нужно зайти в настройку модуля "Интернет-Магазина" и проверить что у вас там настроено:

Как видим у меня стоит делать резерв по получению оплаты, для вас может быть удобен другой вариант, там в принципе универсально.
Выше я выделил группу настроек которая меняет некоторые галочки в зависимости от происходящих действий (а так же списывает резервы), у меня в системе один склад и настроена автоматика, что бы происходила по оплате сразу и отгрузка и заказ закрывался.
К сожалению пока на многоскладовых системах нет такой автоматики, она появится чуть позже. Но даже в варианте многоскладовости можно выстроить удобную схему, которая будет отрабатывать статусы и частично автоматизировать процесс.
После резерва, я думаю система даст выбор складов.
Все-таки стоит почитать две статьи, на одну из которых я давал ссылку выше, на блог Анны, возникнет понимание как это все работает, ну и немного поэкспериментировать в виртуальной лаборатории, или на локальной установке.