Если Вы используете для связи свойство типа Привязка к элементам или производные от него, то при удалении записи в одном инфоблоке записи во втором не удалятся.
Оказалось, правда, извините, что ввел заблуждение. Спасибо за наводку, я подумал, что администратор знает, что говорит, поэтому подумал - а что могло бы удалять, если удаляться не должно. Оказалось, меня подвела ошибка в учебном курсе Битрикса (Пример работы с пользовательскими свойствами):
Я использовал этот пример для создания галереи. Дело в том, что там зарегистрирован обработчик OnBeforeIBlockElementDelete. В нем в частности написано следующее:
CIBlockElement::GetProperty( int iblock_id, int element_id, array arOrder = Array(), array arFilter = Array() );
Т.е. третий параметр - это сортировка, а в учебном курсе третьим аргументом передали фильтр, вместо четвертого. Через это удалялись ВСЕ связанные элементы. Досадно. Нужно поправить учебный курс, к кому обратиться?)