1) ВМ это виртуальная машина. Поставьте права не через битрикс, а через фтп\ссш. Папка должна появиться если прав достаточно.
2) универсального решения тут нет, чтобы вставить в левый столбец. одно дело в конец под какой-то тег, который присутствует в большинстве шаблонов, другое дело в центр где может быть написано все что угодно. Можете поставить в шаблоне какую-то метку типа <!-- metka --> и при добавлении кода искать ее и заменять на код вызова вашего компонента. Но это не является универсальным решением. То же самое вы сделаете прописав код вызова ручками в шаблоне.
2) универсального решения тут нет, чтобы вставить в левый столбец. одно дело в конец под какой-то тег, который присутствует в большинстве шаблонов, другое дело в центр где может быть написано все что угодно. Можете поставить в шаблоне какую-то метку типа <!-- metka --> и при добавлении кода искать ее и заменять на код вызова вашего компонента. Но это не является универсальным решением. То же самое вы сделаете прописав код вызова ручками в шаблоне.