Мы ждали, периодически заходили в эту ветку чтобы увидеть решение, а потом решили сделать модуль самим, чтобы он решал поставленные задачи. В результате модуль позволяет для конкретного товара указать в виде набора другие товары. Для каждого товара из набора, в том числе материнского, можно установить свой процент скидки. У пользователя во внешнем интерфейсе есть возможность убрать один или несколько товаров из набора, но тогда все скидки выключаются. То же самое происходит и в корзине. При удалении хотя бы одного товара из набора - скидка исчезает у всех товаров. Модуль называется "Bquadro: Комплекты товаров (наборы со скидкой)"
UPD. Добавили в модуль поддержку торговых предложений