Была та же самая ошибка, мучился очень долго..
\Bitrix\Main\ModuleManager::registerModule($this->MODULE_ID);
Регистрация модуля была на первом шаге установки модуля.
после строки
\Bitrix\Main\ModuleManager::registerModule($this->MODULE_ID);
Модуль считается установленным и дальнейшие шаги как следствие пропускаются.
\Bitrix\Main\ModuleManager::registerModule($this->MODULE_ID);
Регистрация модуля была на первом шаге установки модуля.
после строки
\Bitrix\Main\ModuleManager::registerModule($this->MODULE_ID);
Модуль считается установленным и дальнейшие шаги как следствие пропускаются.
