Денис Касперович написал: Nik An ,может потому что у вас настроена выгрузка только новых заказов? Соответственно один раз новый заказ выгрузился и он перестает быть новым.
А не подскажите в каком разделе находится данная настройка? Перелопатил весь сайт, ничего подобного не нашел.
В коде ядра модуля sale, а именно: в методе CSaleExport::ExportOrders2Xml. Чтобы с помощью скрипта Игоря Долгополова повторно выгрузить один и тот же заказ, надо очистить куки вашего сайта в браузере и заново авторизоваться.