Вообще как то все получилось, но из-за того что все делается под пользователем bitrix на сервере не создаются эти файлы при первом заливе [bitrix@eurекеекn www]$ git push origin master error: unable to create directory for .git/refs/remotes/origin/master error: Cannot lock the ref 'refs/remotes/origin/master'.
Роман Семёнов, с этим я уже разобрался, сейчас приоритетная задача настроить FTP или SFTP на конкретного пользователя на конкретную папку, почему не предусмотрели этот разработчики biitrixVM не знаю, с халтурили.