Начал изучать Битрикс. И при создании шаблона столкнулся с проблемой. Иногда после обновлений файлов header.php/footer.php/index.php , через какое то они могут автоматически удаляться. С чем это может быть связано.
Кроме этого возможно у Вас какие-то задачи в агентах выполняются странные, или может быть какой-то скрипт удаляет в /bitrix/php_interface/init.php или /local/php_interface/init.php .