На сайте не работала CIBlockElement::SetPropertyValuesEx, подозреваю что аспровский шаблон где-то в своих утробах обработчиком перехватывал апдейт. Разбираться не было времени, воспользовался классом \Bitrix\Iblock\ElementPropertyTable для установки значений свойств. ORM у него полноценно работает. Гуглил документацию или примеры на предмет нюансов, но ничего нет, видимо, недавно включили. На всякий случай решил сюда написать, может, какие подвохи в таком способе есть? Так вроде работает все нормально.