Если кастомизированные компоненты лежали в своём пространстве имён (не в /bitrix/components/bitrix), то не должны.
Но вообще при установке обновлений, особенно при переходе на новую версию, лучше сначала установить обновления на тестовый сайт, проверить его работоспособность, а уж после этого обновлять боевой сайт.
Но вообще при установке обновлений, особенно при переходе на новую версию, лучше сначала установить обновления на тестовый сайт, проверить его работоспособность, а уж после этого обновлять боевой сайт.
«Да не могут же они!»