Я бы рекомендвоал сто раз подумать, прежде чем такое делать. Касаемо архитектуры Битрикса, очень много связей хранится в разных таблицах. К примеру, очистив данным способом b_user, вы не удалите полностью всех пользователей, их останки еще будут разбросаны по БД.