Я так понимаю импорт из 1С идет? сначала проверьте файлы import и offersвы просто визуально даже сможет понять, сколько товаров у вас выгружено что касается странного сообщения... проверьте все ли обновления у вас стоят и т.д. и т.п. я встречал ситуации когда Битрикс пишет некорректно, но редко встречал ситуации когда Битрикс загружает товаров больше чем их реально в файле находилось
в общем начните с файлов импорта посмотрите, сколько там реально товаров выгружено из 1С можно даже по объему файла сориентироваться на глаз