Форум

А способов всего два, насколько мне известно.
Первый, что вы описали:
1. Получаете нужные элементы инфоблока по нужному фильтру в виде объекта.
2. Делаете fetch объекта
3. Получаете свои элементы из своей таблицы
4. Сливаете все элементы в один массив
5. Делаете InitFromArray всему массиву
6. Получаете параметры для  пагинатора
7. Создаете пагинатор.

Второй - промежуточная индексная таблица, где хранятся ID элементов, их пренадлежность к инфоблоку или вашей таблице и сортировочный параметр(ы). Вот с нее и брать массив ID и данные для пагинации, а потом по полученному массиву ID элементов хватать их откуда нужно.
Работает в десятки раз быстрее, особенно на большом количестве элементов, однако необходимо поддерживать целостность связей - добавлять и удалять в ней элементы при добавлении или удалении в вашей таблице или инфоблоке.