Перезагрузил апач, и запустил переидексацию в админ панели, убрав галку только измененные. Индексация идет втрой час и не сотанавливается и не выдает ошибок. Хотя сайт имеет базу 13 мб, и не большое количество записей.
Если индексация подвисает, попробуйте консоль браузера открыть, возможно вы там увидите сообщение об ошибке 504 Gateway Timeout. Я попадал в такую ситуацию, проблема решилась, как ни странно, выставлением большого шага (10000 секунд), и полной индексацией. Либо наоборот, поставьте шаг поменьше, например 60 секунд, и переиндексируйте.
Были тяжелые папки с изображениями, исключил их в настройках индексации, после чего индексация прошла успешно. Но теперь в результате поиска "мусор". Ищет на сайте, но выдает результат, но там есть запись в которых вообще нету искомой фразы. Версия модуля поиска v12