У меня так же не получалось загрузить товары (выборочные группы) из xml (1С). По крупицам собрал информацию: 1С "раскололась" что для выгрузки номенклатуры выборочно нужно при выгрузке указать не просто "В списке", а "В списке по иерархии". В этом топике уточнил, что нужно выгружать по стандарту 1 и ставить галочку "выгружать каталог товаров". И все ОК!
Есть вопросы по загрузке в "Битрикс": 1. Если загружается каталог товаров с одинаковым именем (в Битрикс было уже внесено руками), то импортируемый каталог добавляется как новый. При повторном импорте тот что был импортирован замещается. Почему не замещается тот, который был внесен вручную? 2. Каталог загружается в один уровень, а выгружались, например две подгруппы из 1С.
Помоему вам конкретно указали куда тыкать и, что, где читать! В Битриксе всё работает нормально. Если у Вас что-то не работает, то это частный случай, который вы можете попробовать решить сами либо обратиться к специалистам (партнёрам) которые помогут в решений вашей задачи.