Всем спасибо за помощь, всё получилось!!! Я просто использовала свой написанный компонент catalog.filter и после обновления всего битрикса он не обновился (мой компонент). Я его ручками обновила и все заработало. Теперь нет этих гигантских mysql запросов, все берется из одной таблички.
Урааа!
Урааа!