1. По тому, что вы сказали, я не вижу зачем вы кастомизировали компонент. Передаете в глобальный фильтр по свойству ID элемента-фабрики (если у вас привязка к элементам).
2. Для выборки товаров из всех корневых каталогов и подкаталогов - можете попробовать или кастомизировать уже component.php или воспользоваться другим компонентом, где нет жесткой привязки к секции (вроде бы у catalog.top есть фильтр и нет привязки).