Короче даже тех поддержка внятно не смогла ответить, решил сам, проблема в следующем.
1. Заходим в настройки -> Настройки продукта -> Настройки модулей -> Интернет магазина
2. Если параметр Время актуальности корзины установлено не в 0, то видем след сообщение. Картинка во вложении
3. Ставим 0 и все работает, скидка в корзине и в заказе появляется
Либо переключить скидки на единый режим по совету из тех поддержки, но тогда я как понял надо все старые скидки переносить в новый функционал
[CODE]В настройках модуля "Интернет магазин" включить настройку "Использовать только правила корзины:"
Демонстрация: https://recordit.co/5mNMSTtazd
[/CODE]