Была аналогичная проблема. После разбора кода обмена в 1С и xml с битрикса вот, что вышло. В мануале который дает Битрикс по настройке этих статусов написано неправильно. Соответствие статусов работает только для системных статусов, .т.е только для "Заказ оплачен", "Доставка разрешена", "Отменен", "Финальный статус". Статусы, которые может создать пользователь: "Принят, ожидается оплата", "Оплачен, формируется к отправке" не получится использовать. При этом обнаруживается другая проблема - когда заказ только создан, то все системные статусы = false, и статус в 1С не среагирует ни на один из них. По этому или принудительно выставлять какой-нить системный статус сразу после создания заказа или дорабатывать в 1С функцию "УстановитьСтатусЗаказа" в обмене с сайтом.