Для тех кто не нашел ответ, вот Вам функция которая запрещает активацию разделов при выгрузке(обновлении разделов) из 1с, ее нужно добавить в файл init.php
AddEventHandler("iblock", "OnBeforeIBlockSectionUpdate","DoNotUpdateSect");
function DoNotUpdateSect(&$arFields)
{
if ($_REQUEST['mode']=='import')
{
unset($arFields['ACTIVE']);
}
}
AddEventHandler("iblock", "OnBeforeIBlockSectionUpdate","DoNotUpdateSect");
function DoNotUpdateSect(&$arFields)
{
if ($_REQUEST['mode']=='import')
{
unset($arFields['ACTIVE']);
}
}