Запуск скрипта через php-cli отличается от запуска через веб-сервер. Например в cli режиме массив $_SERVER отличается от того, что есть при запуске через веб-сервер, банально отсутствует $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] и $_SERVER['SERVER_NAME'], также там нет кук и соответственно рабочих сессий