Решили проблему, но далеко не тривиальным способом:
1) Определили что не запускается демон mysqld (при запуске выдает failed).
2) По логам выяснили, что он стартует, но из-за ошибок в одной из БД останавливается.
3) Переустановили mysqld, восстановили my.cnf, после чего удалось его запустить.
4) База данных (тип InnoDB) была полностью повреждена, восстанавливали с помощью стандартных средств (innodb_force_recovery=6, четверка не принесла результатов), восстановить удалось не все таблицы, собирали по таблично (некоторые таблицы целиком переносили из других сайтов, повезло, что они не были связаны с контентом).
Честно говоря не знаю из-за чего возникла такая ситуация.