Смотря, что хотите сделать. Если хотите отфильтровать данные, лучше корректировать модуль в самом ЗУП. Особенно если клиенты не хотят, чтобы все данные постоянно передавались в Битрикс. В модуле в ЗУП обычно дается ссылка на файл обработки. Можно скопировать и создать свой файл , например 1ccustom_intranet.php. И создать копию intranet.users.import.1c и в файле 1ccustom_intranet.php сослаться на эту копию компонента. После чего кастомизировать обработку данных в этой копии компонента.