А тут всего 2 варианта. Или разные инфоблоки, или привязывать свойства к разделам и настраивать фильтр по этим свойствам.
Как по мне - 1 вариант в общих чертах лучше, но получится полностью уникальные ИБ, -> появятся дублирующиеся свойства (ну к примеру габариты), появится некоторое веселье при выгрузке xml списка товаров, т.к. выгрузить можно только 1 блок стандартными средствами. ( для того же Я.Маркета) и прочее.
Второй вариант описан тут: [URL=https://dev.1c-bitrix.ru/community/blogs/product_features/smart_filter.php]https://dev.1c-bitrix.ru/community/blogs/product_features/smart_filter.php[/URL] Из минусов этого варианта - портянка всё равно останется, вы просто будете её фильтровать в каждом разделе/товаре, нельзя сделать обязательным свойство для конкретного раздела, только для всех товаров штатными способами.