Такая же проблема как у Максима Ковальчука - впервые сделал два магазина на битриксе, ни один сайт не индексируется нормально уже больше года. На каждом сайте примерно по 4-5 тыс. товаров, количество страниц попавших в индекс постоянно скачет, то 100, то 500, то опять 100, но не разу не превысило 700 такое ощущение, что роботы просто не могут полностью просканировать сайт, им что-то мешает.
По поводу рук из Ж - в SEO 6лет, продвигал десятки сайтов в топ причем не пятистраничные, а крупные сайты с высококонкурентными запросами такими как обувь, бытовая техника и тд., с такими проблемами сталкнулся впервые. После полу года мучений с сайтами отдал сайты на SEO аудит в две уважаемые SEO компании - никаких критических ошибок в оптимизации сайтов обнаружено не было. Чтобы уж совсем убедиться что дело не в ceo сделал на коленке шаблонный магазин на virte примерно с теми же разделами и товарами, разместил абсолютно не уникальные тексты скопипастенные с разных сайтов - сайт полностью "съелся" за 4 апа.
Изначально был поставлен вопрос об индексации страниц, а не о их ранжировании и говорить о какой-то супер грамотной оптимизации здесь не стоит, так как для нормальной индексации достаточно правильно прописать мета теги и яндекс прекрасно съест любые страница даже не уникальные, а вот на каких позициях будут эти страницы это уже другой вопрос.
Грешить на битрикс не буду, так как тысячи успешных проектов созданных на этой CMS говорят сами за себя.
Мне кажется, либо дело в ошибке разработчиков сайта, либо в не правильной настройке сервера - в этом направлении сейчас и работаю.