Добавились всего два тега:
<Внешний>false</Внешний>
и
<НомерВерсии>AAAAAAAXaXE=</НомерВерсии>
внутри тега Свойство:
<Свойство>
<Ид>80402260-79c4-11e3-804a-e0cb4eba6d7b</Ид>
<Наименование>Подкладка</Наименование>
<Внешний>false</Внешний>
<ТипЗначений>Справочник</ТипЗначений>
<ВариантыЗначений>
<Справочник>
<ИдЗначения>76035d3b-ea5c-11e3-bd40-e0cb4eba6d7b</ИдЗначения>
<Значение>Air Mesh</Значение>
</Справочник>
</ВариантыЗначений>
<НомерВерсии>AAAAAAAXaXE=</НомерВерсии>
<БитриксФильтрРазрешен>false</БитриксФильтрРазрешен>
</Свойство>
Но тег <ТипЗначений>Справочник</ТипЗначений> как был так и остался, что навело меня на мысль что тип "Справочник" конвертируется в тип "Список" в битриксе, но даже если так, каким образом два новых тега сбивают Имена Типов.