Была такая проблема, решил так.
В корне сайта есть файл urlrewrite.php, так вот, битрикс переписывает его после создания вами физического раздела (папки на сервере) сайта (надеюсь правильно сформулировал), так вот, переписывает он его иногда криво и одной и той же папке прописывает разные значения.
Откройте файл, внимательно просмотрите, уберите дубли и "подозрительные" параметры.
Можно еще права на него 444 поставить, только снимать их при создании новой папки.
В корне сайта есть файл urlrewrite.php, так вот, битрикс переписывает его после создания вами физического раздела (папки на сервере) сайта (надеюсь правильно сформулировал), так вот, переписывает он его иногда криво и одной и той же папке прописывает разные значения.
Откройте файл, внимательно просмотрите, уберите дубли и "подозрительные" параметры.
Можно еще права на него 444 поставить, только снимать их при создании новой папки.