1) нужно проверять, конечно же, мы не проверяли
ISPmanager, скорее всего, зависит от пакетов php, mysql,...
bitrix-env так же зависит от php (сборка zend server ce), mysql,...
правильно будет пробовать установить сначала bitrix-env, затем ISPmanager, но без переустановки РНР
2) переустановить пакет bitrix-env, после чего вновь установленный пакет:
-создаст новую бд sitemanagerN, оставив прежнюю без изменений
-создаст новый DOCUMENT_ROOT=/home/bitrix/www, переименовав старый в /home/bitrix/wwwN
Для запуска прежнего сайта достаточно изменить DOCUMENT_ROOT, или переименовать /home/bitrix/wwwN в /home/bitrix/www
И, конечно же, не забывайте делать бэкап перед экспериментами